Japão, 2035. O desfiladeiro de Kurobe, localizado em uma cidade conhecida por seu centro de pesquisa, é isolado pelo governo após um projeto científico dar errado e gerar uma forma de vida artificial, a chamada “Matéria”. Dois anos depois, a adolescente Aiko Tachibana, que perdeu sua família neste acidente, conhece seu novo colega de classe, Yuya Kanzaki, que lhe revela que o destino de toda a população local está nas mãos da jovem.  Agora, os dois embarcam em uma desafiadora missão a fim de resgatar a Kurobe que existia antes do incidente.